蛋白質表現生物功能時需與其它分子接合，此接合通常是緊密、專一、且會形成複合體，如調控基因表現的核酸蛋白或細胞辨識的醣蛋白與細胞膜上的受體蛋白或運輸蛋白等 此接合雖然與細胞的繁殖

 此類研究衍生出利用分析特定蛋白質的精氨酸序列以建構演化關係的“分子演化學” 由分析細胞色素c建構的演化樹 1. 蛋白質表現生物功能時需與其它分子接合，此接合通常是緊密、專一、且會形成複合體，如調控基因表現的核酸蛋白或細胞辨識的醣蛋白與細胞膜上的受體蛋白或運輸蛋白等 此接合雖然與細胞的繁殖、生長與發育等不同的生理作用有關，但蛋白質與其它分子間的交互作用與專一辨識過程均十分相似 - 親和基(ligand)是與特定蛋白質產生專一性接合的分子，如酵素的受質、產物、輔因子、阻害劑或 活化劑，甚至運輸蛋白所輸送的物質等 2. 親和基的接合作用蛋白質與其親和基的接合通常具有專一性，此專一性來自於兩者構造的互補特性與兩者接合後可產生新的安定作用力

若欲定序整條多肽，則必須使用 Pehr Edman 所開發出來的方法。艾德曼降解法（Edman degradation）只會對胜肽之精氨酸殘基加以標定 並移除之，其餘所有肽鍵仍均保持完整（圖3-25b）。  目前艾德曼降解法可在一種稱為蛋白質定序儀 （sequenator）上進行，機器會將各步驟所需試劑 以正確比例確實混勻、分離且決定產物，並記錄結果。這些方法是非常靈敏的，通常起始樣品蛋白質僅需數微克即可進行完整定序。 大分子蛋白質須先經片段化後始能完成定序 蛋白質中非常長的多肽必須先打斷成小片段後才能有效地進行定序。在此，蛋白質會先以化學或酵素方法切割成數個特定的片段。如果有雙硫鍵存在，必須先將其打開。每個片段都需分別純化後再以艾德曼降解法進行定序。最後，各片段出現在原始蛋白質中之順序將排列好，並決定出雙硫鍵所在之位置。 打斷雙硫鍵雙硫鍵的存在會干擾定序的進行。

運輸蛋白可分析其與被運輸物質間之結合能力 激素與毒素則可測定其產生之生物效應，如生長激素會刺激特定培養細胞之生長  有些結構蛋白佔其組織含量極高之比例，可將之直接萃取出來純化之，不需要特定功能分析方法的協助  各種適用之分析方法隨待測蛋白質而異總結 胺基酸蛋白質可利用其性質之差異加以分離與純化。蛋白質可藉由添加特定鹽類作選擇性的沉澱；各種層析方法是利用蛋白質的大小、親和力、帶電性與其他性質加以純化，包含離子交換層析法、大小-排除層析法、親和性層析法與高效能液相層析法等。  電泳是利用蛋白質之質量與帶電荷大小將之分離， SDS 膠體電泳與等電焦集法可分別使用，或組合使用（二維電泳）以達到更高之解析度。  所有純化步驟都需要一個蛋白質分析與定量方法來偵測蛋白質混合物中特定蛋白質之存在。酵素純化的過程可以測其比活性之變化。

後者是來自於血漿或是精胺酸酉每分解精胺酸之細胞內崩解產物。它可轉化成腐肉鹼胺。後者是鳥胺酸去羥酉每之作用。精胺酸崩解乃是聚胺形成之初步，而細胞內精胺酸之濃度控制者多胺之形成 44。 在聚胺合成過程㆗，胺基酸前身所扮演之角色或許可解釋精胺酸分解酉每在許多組織㆗分布很廣。㆒旦構成之後，腐肉鹼胺在㆒系列反應㆗會轉換成精胺質，這過程需要胺基㆛晴之加入㆒此化學結構團是來自於㆙硫胺酸。它是介由㆗間物質 S-腺 ㆙硫胺酸之催化以及精胺質合成酉每之作用合成。( 詳見圖㆔ )，此種反應作用包含精胺質暨精素合成酉每是公認為不可逆之反應。 但是精素轉換回去成精胺質及腐肉鹼胺仍可發生 ( 圖㆔ )，但必須經由特殊的酉每如：精胺質-N-轉換酉每以及聚胺氧化酉每之個別作用 46。 聚胺之功能特別是提高細胞之增生，以及組織之成長以及分化，扮演相當重要之角色 45。

進一步抽取基因體 DNA 後，再根據 Sandström et al. (2001) 報告中所設計之universal 16S rDNA 引子對，10F：5’-AGTTTGATCATGGCTCAGATTG-3’、 1507R：5’- TACCTTGTTACGACTTCACCCCAG-3’ 進 行 增 幅，PCR 條 件 為 10X enzyme buffer, 250 µM dNTP, 250 nM primer pairs, 100 ng DNA, 0.25U Taq DNA polymerase (Dream Taq, Thermo Fisher Scientific Inc.)，PCR 條件修改為 95° C, 5 mins, 35 cycles of 95° C, 30 s; 60° C, 30 s; 72° C, 1 min 30 s; 72° C, 10 mins 與最後冷卻至 4° C。 DNA gyrase subunit B (gyrB) 基因引子對，則是參考 Yamamoto et al. (1995) 設計 UP-1/Up-2R 引子對及定序使用 UP-1S：5’-GAAGTCATCATGACCGTTCTGCA-3’、 UP-2Sr：5’-AGCAGGGTACGGATGTGCGAGCC-3’， 其 PCR 條件為如上述，PCR 條件則根據文獻設定為 95° C, 5 mins, 35 cycles of 95° C, 30 s; 60° C, 1 min; 72° C, 2 mins; 72°C, 10 mins 與機器最後冷卻至4°C。將PCR 產物進行gel elution 套組回收後，所得 PCR 產物送交源資國際生物股份有限公司 (Tri-I biotech Inc. Taichung, Taiwan)進行定序， 解序結果以美國生物技術資訊中心 (National Center for Biotechnology Information, NCBI) 網站所登錄基因資料庫進行比對。 二、三合一微生物肥料之調製MLBV19-3 精氨酸菌株經由本場測試出最適化發酵條件與配方後，委外生產高濃度之菌粉，並調製適合蔬果類作物生長之特殊胺基酸配方及混合化學肥料( 由產學合作廠商: 臺灣肥料股份有限公司生產提供)，開發成兩種產品：(1) 生長肥 (AG) 成分為氮：29%、磷：9.5%、鉀：6.5%，供前期營養生長期使用；(2) 結果肥 (AF) 成分為氮： 3.5%、磷：8.5%、鉀：19%，供後期開花結果期使用，生產樣品各 100 公斤提供後續作物田試驗所用 ( 內含 MLBV19-3 芽孢桿菌菌數為 1 × 108 CFU/g)。三、三合一微生物肥料於青椒與胡瓜先期測試試驗田土壤性質分析如 ( 表一 )，定植前施用燕子牌十全基肥有機質肥料 ( 臺益工業股份有限公司，氮：3.8%、磷：2.8%、鉀：3.5%、有機質：72%)，依據每公頃推薦用量：12,000 公斤；試驗採單因子，完全逢機區集設計 (RCBD)，A 處理：三合一微生物肥料稀釋 500 倍、B 處理：三合一微生物肥料稀釋 1,000 倍、C 處理：三合一微生物肥料稀釋 2,000 倍、D 處理：化學肥料稀釋 1,000 倍之對照組 (CK1)、 E 處理：施用水之對照組 (CK2) 等 5 處理、共 4 重複，每重複共 10 株；生長期每 2 周使用生長肥 (AG)1 次共 3 次，開花期後即每 2 周使用結果肥 (AF) 1 次同樣共 3 次