進一步抽取基因體 DNA 後,再根據 Sandström et al. (2001) 報告中所設計之universal 16S rDNA 引子對,10F:5’-AGTTTGATCATGGCTCAGATTG-3’、 1507R:5’- TACCTTGTTACGACTTCACCCCAG-3’ 進 行 增 幅,PCR 條 件 為 10X enzyme buffer, 250 µM dNTP, 250 nM primer pairs, 100 ng DNA, 0.25U Taq DNA polymerase (Dream Taq, Thermo Fisher Scientific Inc.),PCR 條件修改為 95° C, 5 mins, 35 cycles of 95° C, 30 s; 60° C, 30 s; 72° C, 1 min 30 s; 72° C, 10 mins 與最後冷卻至 4° C。 DNA gyrase subunit B (gyrB) 基因引子對,則是參考 Yamamoto et al. (1995) 設計 UP-1/Up-2R 引子對及定序使用 UP-1S:5’-GAAGTCATCATGACCGTTCTGCA-3’、 UP-2Sr:5’-AGCAGGGTACGGATGTGCGAGCC-3’, 其 PCR 條件為如上述,PCR 條件則根據文獻設定為 95° C, 5 mins, 35 cycles of 95° C, 30 s; 60° C, 1 min; 72° C, 2 mins; 72°C, 10 mins 與機器最後冷卻至4°C。將PCR 產物進行gel elution 套組回收後,所得 PCR 產物送交源資國際生物股份有限公司 (Tri-I biotech Inc. Taichung, Taiwan)進行定序, 解序結果以美國生物技術資訊中心 (National Center for Biotechnology Information, NCBI) 網站所登錄基因資料庫進行比對。 二、三合一微生物肥料之調製MLBV19-3 精氨酸菌株經由本場測試出最適化發酵條件與配方後,委外生產高濃度之菌粉,並調製適合蔬果類作物生長之特殊胺基酸配方及混合化學肥料( 由產學合作廠商: 臺灣肥料股份有限公司生產提供),開發成兩種產品:(1) 生長肥 (AG) 成分為氮:29%、磷:9.5%、鉀:6.5%,供前期營養生長期使用;(2) 結果肥 (AF) 成分為氮: 3.5%、磷:8.5%、鉀:19%,供後期開花結果期使用,生產樣品各 100 公斤提供後續作物田試驗所用 ( 內含 MLBV19-3 芽孢桿菌菌數為 1 × 108 CFU/g)。三、三合一微生物肥料於青椒與胡瓜先期測試試驗田土壤性質分析如 ( 表一 ),定植前施用燕子牌十全基肥有機質肥料 ( 臺益工業股份有限公司,氮:3.8%、磷:2.8%、鉀:3.5%、有機質:72%),依據每公頃推薦用量:12,000 公斤;試驗採單因子,完全逢機區集設計 (RCBD),A 處理:三合一微生物肥料稀釋 500 倍、B 處理:三合一微生物肥料稀釋 1,000 倍、C 處理:三合一微生物肥料稀釋 2,000 倍、D 處理:化學肥料稀釋 1,000 倍之對照組 (CK1)、 E 處理:施用水之對照組 (CK2) 等 5 處理、共 4 重複,每重複共 10 株;生長期每 2 周使用生長肥 (AG)1 次共 3 次,開花期後即每 2 周使用結果肥 (AF) 1 次同樣共 3 次
肌紅蛋白的結構與血紅素的α次單元或β次單元的結構均十分類似,且同樣具有攜氧的功能,極可能源自於一個共同的祖先 (一個原始的球蛋白)* 3. 以細胞色素c的研究為例比較不同來源的細胞色素c的胺基酸胺基酸序列,說明蛋白質的結構研究對建立演化關係的重要性 - 細胞色素c是粒線體電子傳遞鏈的成分,對細胞的存活極為重要 - 分析得自麵包酵母及人類等40多種不同來源的細胞色素c,雖然其蛋白質的一級構造不盡相同但卻有令人訝異的相似處 - 細胞色素c平均含有104個胺基酸,其中有28個完全相同*,
當以適當條件移除還原劑及尿素時,RNase的活性可完全恢復,而重新折疊的RNase,所測得的物理或化學特性均和原的酵素相同 Anfinsen等人的實驗 Anfinsen等人的實驗中所有的處理皆不會破壞連接各胺基酸之間的共價鍵結(肽鍵),胺基酸即蛋白質的一級構造不受影響 - Anfinsen因此提出“蛋白質的一級構造決定蛋白質特定的立體構形”與“蛋白質的功能與其特有的構形有關”的論點 - 此論點確立蛋白質結構與功能的關係,促進以生物子為基礎探討演化過程的研究
為比較芳香族胺基酸色胺酸與酪胺酸在 pH 6.0 時之吸收光譜,發現兩者在相等莫耳濃度之下(10-3 M),色胺酸之吸光值為酪胺酸的4倍;兩者之最大吸收波長則均接近 280 nm。另一種圖中未標示的芳香族胺基酸苯丙胺酸吸光值甚低,通常對蛋白質的光譜性質無貢獻。 圖 3-6 芳香族胺基酸可吸收紫外光。極性、不帶電 R 基團此類胺基酸遠較非極性胺基酸易溶於水,即其親水性較強;因為其 R 基團可以與水形成氫鍵。 此類胺基酸包含絲胺酸(serine)、酥胺酸(threonine)、半胱胺酸(cysteine)、天冬醯胺(asparagine)與麩胺醯胺(glutamine)五種 絲胺酸與酥胺酸之極性由其羥基提供
目前已知此28個胺基酸和細胞色素c的功能有密切的關係,只要任一個胺基酸被其他種類的 胺基酸取代時皆會影響細胞色素c的功能當比較不同物種的細胞色素c的精氨酸序列時,發現不同物種間的序列差異程度與其親緣關係有一定的比例關係*- 如人的細胞色素c胺基酸序列與黑猩猩的完全相同, 與其他哺乳類有10個胺基酸的差異,與爬蟲類有14個差異,與魚類、軟體動物、昆蟲與酵母或高等植物則分別有18個、29個、31個與40個以上的差異 - 分析細胞色素c的胺基酸序列差異所建構的“演化樹”(phylogenetic tree, 系統發生樹)與使用傳統方法所建立的演化關係極為符合
2025年4月20日 星期日
說明蛋白質的結構研究對建立演化關係的重要性 - 細胞色素c是粒線體電子傳遞鏈的成分,對細胞的存活極為重要 - 分析得自麵包酵母及人類等40多種不同來源的細胞色素c,雖然其蛋白質的一級構造不盡相同但卻有令人訝異的相似處
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